Štrukturálne fondy slúžia na financovanie cieľov regionálnej a štrukturálnej politiky EÚ, čiže hlavne k zvyšovaniu ekonomickej vyspelosti európskych regiónov. Finančná podpora z fondov je rozdeľovaná prostredníctvom tzv. operačných programov, ktoré určujú zameranie pomoci pre danú oblasť alebo sektor.
NÚRCH sa svojimi projektami zapojil do dvoch operačných programov:
1. Operačný program Výskum a vývoj
2. Operačný program Zdravotníctvo
V rámci ktorých NÚRCH získal nemalé nenávratné finančné prostriedky na modernizáciu a rekonštrukciu prístrojov a zariadení.
