Štrukturálne fondy slúžia na financovanie cieľov regionálnej a štrukturálnej politiky EÚ, čiže hlavne k zvyšovaniu ekonomickej vyspelosti európskych regiónov. Finančná podpora z fondov je rozdeľovaná prostredníctvom tzv. operačných programov, ktoré určujú zameranie pomoci pre danú oblasť alebo sektor.
NÚRCH sa svojimi projektami zapojil do troch operačných programov:
1. Operačný program Výskum a vývoj
2. Operačný program Zdravotníctvo
3. Operačný program Integrovaná Infraštruktúra
V rámci ktorých NÚRCH získal nemalé nenávratné finančné prostriedky na modernizáciu a rekonštrukciu prístrojov a zariadení.
Najnovšie schválené žiadosti o nenávratný finančný príspevok z Európskeho fondu regionálneho rozvoja v programovacom období 2014 - 2020 pre Národný ústav reumatických chorôb v Piešťanoch ako prijímateľa a partnera:
